FreeBSD5.4でwww/apache13に拾ってきたパッチを適用させたいと思い、
www/apache13/filesの下に入れました。
パッチ自体は問題なく適用されるのですが、そのパッチの内容はconfigure時に
独自のオプションを設定するようになっており、そこで有効にするように
なっています。

そこで、www/apache13/Makefileの内容をを書き換えて有効にしたのですが、
その後にcvsupを実行したらwww/apache13/Makefileの内容が書き換えられて
しまいました。

cvsup時にwww/apache13以下の内容のみを書き換えないようにするには、
どうしたらいいでしょうか？