WinShell の設定が変なんだろう。
それ以上のことは、状況を「具体的に」（＝第三者でも検証できるように）
説明しない限り誰にも（偶然に頼らずには）わからんだろうね。
とりあえず、コマンドプロンプトで処理しても問題があるのかどうか
（つまり、WinShell の問題なのか TeX システム自身の問題であるのか）
くらいは確認してくれ。
# ちなみに、その“! End of file on the terminal... why?”は
# 完全に空の（ファイルサイズ 0 の）ファイル zzz.tex を用意しておいて
# コマンドラインで“tex < zzz.tex”のようなマネをすれば出てくるのだが
# （もちろん、これはそのエラーメッセージが出る場合の一例にすぎない）、
# こんな状況は普通の使い方ではないからね……