テケトーな名前で保存して、C-x C-f してemacs 内でコピペという回答は、
質問者にとっては勝ち負けで言えば負けなんだろうなあぁ

gnome とX、カットバッファが共通になってないの？
GUIのemacs なのか、Rxvt とかで起動してるのか？
X 標準の方法(なぞって反転でコピー、中ボタン押下でペースト)でやってる？
文字コードが違うとか？