>>384さん
アドバイスありがとうございます。その記述は読みました。書いてある内容はインスコの手順で、
それは問題なく終わっております。CDをマウントしてLinuxと同じように作業すればOKでした。

私の一連の質問は、実際に起動する際に、CDをマウントしていないと動作しない制限があるアプリで
どうやって、CDをマウントしていることを/compat/linux/以下にあるそのアプリに伝えるか
ということです。FreeBSD側からマウントしても、認識してくれませんでした。

「フラグを立てる」「リンクする」などのアドバイスを頂き、ハンドブックを見ろと言う指示も
頂いたのですが、ハンドブックには「Linuxエミュレーションで動作させるアプリケーションから
マウントしているCDを確実に認識させる」というような記述は発見できませんでした。。。

とりあえずCDを必要としない古いバージョンのMATLABで試してみようかと思います。
学生版のMATLABは大学生協で$99で買えるので非常に助かるので、是非FreeBSDで使えたらと思っております。