`pwd`を直接代入する場合は" "を付けなくていい。
dir=`pwd`で、スペースもちゃんと保存される。
もちろん、値を使う時は"$dir"で" "が要る。

dir=(`pwd`)の場合は、配列への代入になってしまうので、
配列の要素解釈の際にスペースが解釈されてしまうため、
dir=("`pwd`")とする必要がある。
でも、>>564 は配列とは知らずに=( )を使ったのだろうから、
この書き方は忘れた方がいい。

なお、bashが$PWDをセットするからといって、
こういうのに頼ってはいけない。