ktermの中でscreen使ってるときに、status lineに
何かメッセージが表示されると、ウィンドウサイズが
変ってしまう場合があるけど、これって防ぐ方法
ありますか？

この現象は使っているXのウィンドウマネージャにも
依存するみたいです。twmとかだと、大丈夫だけど、
KDEやicewmだと発生します。