1個のサイズが10KBから100KB程度のファイルをすんげえいっぱい
(合計200GB程度)格納してしかもわりと頻繁にアクセスするんだが,
ファイルシステムは ffs でいいですか?

ハードディスクは普通の外付けUSBディスク300GBです。