> qmail-scannerはperl-5.8.5で使えないので

そうなの?

> そうなるとperl-5.6.1_15を変に上書きされてしまいます

普通に入れてればuse.perlがちゃんと設定してくれるはずだけどね。
/etc/make.confに変数書かれてる?