うーん。分かってないのかもしれません。
えーと中身はあまりに多きすぎて全部は貼れませんが、
概ね次のようなスクリプトです。

A.plとB.plがあり、両者はそれぞれCファイルを更新するプログラム。
Aファイルは２分弱、Bファイルは５分弱のプログラム
各スクリプトでは各々flockしてCファイルを読み込みモードで開き、読み込み、ロックを解除して閉じて、
処理後に再びflockして上書きモードで書き込み、ロックを解除し閉じている。

A.plとB.plはそもそも処理を高速化するために２つに分けられたもので、
同時に走らせないと意味がない。

というものです。素人には難しいですが、何かアドバイスお願いします。