estcmd putを使う場合はドラフト形式を作らなきゃだめだよ。
対象のファイルに対して、拡張子に応じてestcmd draftとかestxfilt.batで
テキストを抽出するとともに、先頭に「title=あいうえお」というような属性定義
をするその一部として、「myscore=10000」みたいにスコアを属性としてつければ
いいと思う。検索する時には順序の指定で「myscore NUMD」にすればmyscoreの大き
い順番で並べられると思うよ。

331の言うように、0.5.3からは、estcmd gather（-pxオプション？）を使えばドラ
フト形式を使わなくても属性の指定ができるようになったような希ガス。