JRE入れるのは.NET Frameworkを入れるのと同じようなもんで、大抵のユーザは
抵抗なくやってくれるでしょ。J2SEのコアライブラリ以外に必要なランタイムが
あったとしても、それも同梱してしまえばいい。

別にJavaマンセーと言うつもりはないけど、GNOMEやGTK+のバージョンの違いに
悩まされるのは普通のユーザには耐え難いことだよ。依存関係が連鎖している
から、作業途中で嫌になってやめてしまう人が多いと思う。かくいう俺もそれで
gdestraierの利用を断念した。
もしもDegianやVineなどのディストリビューションに標準採用されたとしたら、
そういう苦労はほとんどなくなるかもしれないが。