cygwin環境の /tmp/hogehoge は c:\cygwin\tmp\hogehoge
というように、相互にファイルパスの違いをうまく処理する方法はありますか?

例えば、CVSEDITOR に xyzzy を指定して、起動する xyzzy に
うまいこと上記のようなファイルパスを渡すことはできないものでしょうか?