パスじゃなくコマンド補完として実行属性(x)を見てるんだろうな。
というか気になるんなら自分でソース見ればいいのに。
~/bin/ ならもともとコマンド名補完で済むし、
嫌なら complete-filename使えば、ぐらいの事だと思うが。
(Cygwinの話じゃ無いし)