Vim で改行を大量に削除するのは、危険です。
激遅になります。止めた方がいいです。
C-c で停止させて、 :q! で終了してください。

(1) SED の場合、改行削除。( sed 詳しくないけど )
[prompt]$ cat a.sed
:loop
$!{
N
s/\n//
b loop
}

[prompt]$ sed -f a.sed in.txt > out.txt

(2) Ruby の場合
ruby -e 'print(ARGF.read.gsub(/\n/,""))' in.txt > out.txt