ええと、整理すると
キーボードは wskbd0 と wskbd1 とが存在してて、
ディスプレーは vga1 の wsdisplay0 しかなくて、
ttyE0 には wdkbd0 と wskbd1 の両方が接続されてて、
どっちのキーボードを入力しても ttyE0 に行くけど
wsconsctl -w しても wskbd0 の PS/2 のほうしか設定が変わらなくて
USB のほうはもとのまま変わらないのが問題ってことだよな。

で、wsconsctl -w encoding=us したときどうやってキーボードを選んでるのか
ktrace で調べると /dev/wskbd0 を open してるからソース調べてみたら
src/sbin/wsconsctl/wsconsctl.c で default を "/dev/wskbd0" に
hardcoding してあるじゃん。なんだそれ。

つーわけで安直な解決策は
wsconsctl -f /dev/wskbd1 encoding=jp
かなあ。wscons.conf では指定できないのかしら? なんか変なの。