駄目です。

portindexでINDEX.db作っても、portsversionとか実行すると、portsdbが実行され、
コアダンプしてしまいます。

rabi# portversion
[Failed `Inappropriate file type or format'] [Updating the portsdb <format:bdb1_btree> in /usr/ports ...
- 11728 port entries found .........1000.........2000.........3000.........4000.........5000.........6000
.........7000.........8000..../usr/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/portsdb.rb:587: [BUG] Bus Error
ruby 1.8.2 (2004-07-29) [i386-freebsd5]

アボート (coreを出力しました)

もちろん、rubyもryby-bdbもportupgradeも今の時点で最新です。