~/.emacsの読み込み中のエラートラップは--debug-initだっけ。
でもどっちかというと、Emacs以前にXの問題のような気がする。
ほかのXクライアントはちゃんと出るのか? xeyesとか。
その次はXのリソースの指定があれば一旦全部無効にして、-qつけて試すとか。