昔からXでやってるような選択でコピーして中ボタンでペーストするようなのは
PRIMARY(とSECONDARY)を使って、C-c/C-x/c-vのように明示的なコピー＆ペーストの
操作があるときだけCLIPBOARDを使うって規約がどっかにあったと思うんだが
ICCCMだっけ？

PRIMARYもCLIPBOARDも同じ機構だけど使われ方が微妙に違った気がする。