ホームディレクトリにある .emacs や .emacs.el は初期化ファイル

普通は .emacs をロードするんだけど
Emacs20 から .emacs をバイトコンパイルすることができるようになった

.emacs.el ってのはそのときに書式を合わせただけのものだから
Emacs19 では読まない

まとめると

emacs 起動時 $HOME に
.emacs と .emacs.el と .emacs.elc があれば
Emacs19 以前 : .emacs.elc を読んでエラーになる
Emacs20 以降 : .emacs.elc を読んで立ち上がる

.emacs と .emacs.el があれば
Emacs19 以前 : .emacs を読んで立ち上がる
Emacs20 以降 : .emacs.el を読んで立ち上がる


で、.gun-emacs って何? .gnus でもなさそうだし
.emacs から (load "~/.gun-emacs") とかしているだけなんじゃないの