>>207さん
やってみました。
張り込んで、ウインドウの大きさを変更し、C-x C-cで閉じて、起動しなおしました。
残念ながら、はみ出します。


ただ、~/.framesize.elはちゃんと窓の大きさを把握しているみたいで、
ここの数字は、*scratch*画面で、高さと幅を C-j で調べたのと一致していました。

$ cat .framesize.el
(delete 'width initial-frame-alist)
(delete 'height initial-frame-alist)
(delete 'top initial-frame-alist)
(delete 'left initial-frame-alist)
(setq initial-frame-alist (append (list
'(width . 115)
'(height . 40)
'(top . 30)
'(left . 2))
initial-frame-alist))


(frame-height)
40
(frame-width)
115


起動時にうまく読み込めてないのが原因ですかね。