皆さん、意見ありがとうございます。

>>101 さん、 >>100 さん
> % -*- coding: shift_jis-dos -*-

その方法でやると既存のファイルを開く時に効果がないというのと、Emacs 系のエディ
タを使用していない人がみると変に感じるのではないかという難点がありますね。
でもどうしてもという時には使わせてもらいます。
どうもです。

>>103 さん、
> Emacs にこだわらんでも zsh とか perl なんかを使って...
>>104 さん
> nkf -d のほうが簡単だけど。

いやスクリプトではもう作ってあるのですが、自分の場合ファイルをジェネレートする
ツールをよく使用するので、その度にコマンド打つに飽きてしまったりなんかして・・・。
あとタイムスタンプが変わっちゃったりとか

やっぱり font-lock で ^M を (仮で) 消すのが一番良い手のような気がするのですが、
どうですかね？