マルチユーザモードでinstallworldする覚悟があるなら、マルチユーザモードでmergemasterをするのも同じ程度の覚悟で行けるよ。

# cp -pr /etc /etc.tmp
# mergemaster -a -D /etc.tmp
とかやってみれば、mergemasterする必要があるかどうか察しがつくんじゃねーか。