>>80
portsツリーをcvsup して /usr/ports/UPDATING の 20040226: を読んで、
まずportupgradeをUpgradeした方がいいと思う。更新すると大変高速だよ。
/usr/ports/INDEX*や、/var/db/pkg/pkgdb.db がおかしくなってるなら
それらを削除してportsdb -Uu などで再生成してみては。

ちょっと質問の意図を正確に理解しているか自信がないのだけど
> もしかして、pkgdbはバージョン番号から新しいportを判別
> できないから人間に選ばせるのでしょうか？
新しい方を判別は** しており **、古いと思われるものを除いていいか
確認してくるという挙動だったと思うが。
もうちょっと疑問をわかりやすく。