私の場合は2000インストールでやはり異常に時間がかかっていました

母板何使っているか知らないしBiosのはまりどころの見当つきませんが、私の場合はIDEケーブルが不良でした
その後別のPCもSATAケーブル不良を経験
それ以来母板付属のケーブルは使わない様にしています