大学院修士の学生なのですが、押しつけられてシステム管理者を
させられています。

今度ファイルサーバを新しくするために、Opteron の2CPU構成の
PCを購入します。
それで、6.0-BETA2を入れるか、5.4Rあたりにするか悩んでいます。
どちらのバージョンにすべきかアドバイスをお願いします。

本来であれば、サーバなので5.4Rにすべきところなのですが、
実は、一番問題になっているのが、32bit版のOSとのバイナリ互換なのです。
6.0からは、32bitアプリの実行環境が良くなっていると聞いたのですが、
6.0-BETA2も導入候補となりました。

クライアントとしてつながっているコンピュータはFreeBSD 4.11Rと5.4Rが
混在している32bit環境です。
この中で、32bit版の5.4Rに関しては、開発用マシンなので、
研究室内でのバイナリの互換性が重要になってきています。