今度、大学で鯖管理させられることになりました。
Opteron のデュアル構成のやつです。
FreeBSD 5.4-stable が入っています。
バージョン管理に関しては、漏れの裁量でcvsupで src と ports を
更新してもいいそうです。

FreeBSDの管理は初めてなのですが、鯖関連のアプリで何か問題のあるもの
ありますか?

主にファイルサーバ、mailサーバ、試験用(内部公開のみ)Webサーバとして
使います。
それからJAVAが動くかどうかも知りたいのですが、AMD64でJDK動きますか?