Athlon64を購入予定なのですが
FreeBSDを入れるとしたら32bit版と64bit版のどちらがお勧めですか?

安定性と既存のソフトウェアが動作するかどうかが問題です．
ただし，市販のバイナリ供給されているソフトウェアは使いません．