i386/autoconf.cをながめてみたけど、findroot()では
* Don't trust BIOS device numbers, try
* to match the information passed by the
* bootloader instead.
とあってbootloaderから渡されるBIOSドライブ番号は直接使ってなかった。
そのかわり同じくbootloaderから渡されるdisklabelの中身をチェックしてる。

いつからこうなったのかは調べてないけど、>>683や>>690が書いてる
SCSI/IDE混在環境でダメだというのはもはや迷信なんじゃないの?
"IBM PCのBIOSの仕様のバグ"って具体的にどういう問題?