autoconf物なら
make prefix=/tmp/usr/local install
とかやれば「実際にインストールされるファイルのリスト」も取れるんだから、
そのリストに従ってrmするスクリプトでも書けば済む話だけど。

つーかこの手のスクリプトってみんな自分の使いやすい形で自作してる
もんだと思ってたけど、そうでもないのか。