以下に3つのCの変数名があります。

(1) aa.bb.cc
(2) aa_bb_cc
(3) aabbcc

こんなとき、(1)だけを aa.xx.cc に置換するにはどうやっていますか？

ESC % では (1)(2)(3)
C-u ESC % では (1)(2)
replace-regexp で \bbb\b を指定では (1)(2)
が、置換対象になってしまいます。