emacs使ったことないからしらんけど参考になるかな。。。
自分もhhk lite 使ってるけど、キーマップをus.isoとかにした時にエディタでキー操作の挙動が変になった。
（HomeだかEndキーやデリートキー？が効かない）
rc.confのキーマップを未定義（コメントアウト）にしてみたら？自分はそれで解決したよ。

DIPスイッチ：0,1,1,0