コンソール上の GUI アプリがマウス入力を認識しないと ? =p

マウスは USB とかシリアルなんだろうか。状況不明なのでタイプとか型番とか出すべし。
>>5 にあるように、ググったり www.jp.freebsd.org で検索した方が早いかもよ。