pkgsrcについて教えてください。

/usr/X11R6 以下をだめにしてしまい、Xはxsrc.tgzから
作り直しました。 pkgsrcから作った、/usr/X11R6にインストールされる
X関係のものも全部無くなったのですが、/var/db/pkg以下は手付かずで
残っているため、ないものもある前提でコンパイルしはじめ、途中で
とまってしまいます。

いまは、pkgsrcのmakeのエラーメッセージ見ながら、失われている
(あるはずになっている)パッケージを突き止め、再インストールして
いるのですが、もっとうまい手はありませんか?
なお、/usr/pkgのほうは無事なので、/var/db/pkgを全部消す、というのも
ちょっとためらわれています。