636 さんじゃないんですが…。
同じく courier-imap なんですが、フォルダが
%INBOX.Unix.fol1
%INBOX.Unix.fol2
%INBOX.Unix.fol2.1
%INBOX.Unix.fol2.2
%INBOX.Unix.fol3 のような時、Becky では
Unix というフォルダができて、その中に fol1,2,3 ができてきます。
で、さらに fol2 がフォルダになり、その中に 1,2が存在するような感じで
自動で表示されます。

Wanderlust では、上記が全て独立したフォルダとして表示されます。
これを全て自動で分類する事は可能でしょうか？
今は .folders に手書きで分類しています。