古い話で申し訳ないけど、また設定しなおしてる間に同様の問題が起きてます…
.fluxbox/keysにMod1 space :rootmenu書き足しただけも同様で
普通の左クリックが効かなくなるのも同様の症状です
誰か他に.fluxbox/keysの設定で困った人居ませんか？