情報が少なくよくわからんが、考えられる原因
1:林檎
2:LAME
3:スイッチオプション
4:フロントエンド
5:リッピングツール
6:CD自体
7:気のせい

MP3のまま編集したりしないなら、VBRのプリセット使えば?