軍事行動の正当化は、事後にやるのではなく、事前に大々的にやるべき段取り。
天皇の威光を錦の御旗にした関白秀吉の九州征伐や小田原征伐とか、幕末の戊辰戦争での新政府軍が実例。

だが、本能寺の変でこれをやると、信長に逃げられるだけ。
加えて後日、信長は誠仁の令旨を大義名分にするので、官軍vs.官軍の戦いとなり、少数派の反信長軍はあっさり討伐される末路。

因って、信長討伐は隠密裏でなければ100％成就しない。

で、信長を討った後、天皇の威光だとして錦の御旗を掲げても、
正当な段取りを踏んでいない騙まし討ちにすぎない姑息な暗殺が、天皇の指図だと世間に露見すれば、天皇の権威は失墜。

信長暗殺後の地位保全が、天皇の権威頼みである光秀にとっても、百害あって一利無し。
自分の主殺しという汚点を天皇権威で箔付けすべきを、その天皇までもが「汚れ」になってしまっては、シャレにならんからな。