キリスト教vs仏教ばっかり気になるようだけど、仏教vs仏教も当時は激しかったよ　
本願寺なんて何回も焼き討ちされ比叡山だって信長だけが焼いたわけじゃない

それにキリスト教徒の中にも過激派（大友とか）と穏健？派（黒田家とか）がいたわけで
すべてのキリスト大名が領国内の神社仏閣を燃やしたり弾圧したわけでもない

最終的に政治的禁令で領主の信者が無くなるとこなんかもみると
現在のキリスト教（新興宗教含めて）と似たような状況だったんじゃないかなぁ