現在の都道府県別だと愛知県内の寺院数は全国1位(平成23年宗教年鑑)
4,593 愛知県
3,297 大阪府
3,213 兵庫県
3,074 滋賀県
3,029 京都府
2,974 千葉県
2,800 東京都
2,799 新潟県

明治初期(明治9年)の旧国別の寺数だと、武蔵がトップになって、
山城が4位に入っていることから、京都府の寺院の大部分は山城、
つまりほぼ現在の京都市周辺に集中しており、
京都市と名古屋市で比べれば圧倒的に京都市の方が寺院数が多いだろうけど
5,254 武蔵
3,342 近江
2,713 越後
2,406 山城

なお愛知県に寺院が多いのは、明治初期に大浜騒動と呼ばれる、
廃仏毀釈に反対する騒動が愛知県で起こったためで、
その結果多くの寺院が統廃合されずに残ったことが大きい

鹿児島県なんかは明治初期の段階で寺院数がゼロになってしまっている