ディレクトリのパーミッションを700にするのもあり。
拡張子をcgiにするのは格好悪いからやめたほうがいいんじゃないかな。

多くのHTTPDでは.で始まるファイルはインデックスに表示されないし
標準的なApacheなら.htで始まるファイルは Deny from all なので
.htmydataみたいなファイル名にするのが俺的おすすめ。
でも他人の管理が前提なら必ず.で始まるファイルが作れないと言ってくるので
やめたほうがいいと思うけど。