PukiWikiはもう死にかけなので、さっさと移行したほうが身のため。
今は自分でWiki設置するより>2,3のWikiサービスを利用する方が
スパム、SEO対策、豊富なプラグイン、アップデート等の管理等の面で圧倒的に楽。

→まとめサイトを作る場合
PukiWikiで作ると多少はデザイン面で融通が効くが、スパムとSEO対策、サイト管理が面倒。
素直に>2-3のサイトを利用した方が良い。

→GTDをやる場合
PukiWikiで作るとスパム対策、サイト管理が面倒。GTD本来の作業を妨げることになり本末転倒。
>3Googleのサービスを利用したり、専用のソフトウェアを利用した方が良い。

→個人サイトを作る場合
MovableTypeやWordPress等やブログサービスを使った方が、手軽で楽。
SEO対策、鯖の負担対策、デザインの自由さ、記事が手軽に書ける。