見落としがあるかもしれませんが、5.4.0RC対策をwikiに従ってやってみました。
./lib/func.php
./plugin/ls2.inc.php
./plugin/pcomment.inc.php
./plugin/edit.inc.php
./lib/make_link.php
./plugin/ref.inc.php
この辺りの対策と、 htmlsc 対策もしてみて、起動はしたものの、編集で元のページを読まなかったり、
エイリアスリンクが上手く動いてなかったりと、そこそこ動くけど、まだちょっと、道のりがありそうな感じがします。

CVSの方を見てみると、5.4.0の為の差分はdev.wikiで動作確認されててもコミットされてない物もあり、
本格的にソース追うべきか悩んだとろで、今日は時間切れ。
やはり本家に対策してもらいたいなあ。