じゃあこうすりゃいいんだろ？
setting.php
$a="ヘッダ";
$b="メイン文章";
$c="フッタ";
include "index.php";


index.php
<?php
echo <<<HTML
<div id="header">$a</div>
<div id="main">$b</div>
<div id="footer">$c</div>
略