Zend_Applicationをコマンドラインから使えるか試してみました。
そこまでして…という気がしなくもなくなってきたんですがまあせっかくなんで。

[command-line : production]
phpSettings.display_startup_errors = 0
phpSettings.display_errors = 0
phpSettings.error_repotring = -1
phpSettings.log_errors = 1
resources.frontController.throwExceptions = 1
resources.frontController.noErrorHandler = 1
resources.frontController.noViewRenderer = 1
resources.frontController.disableOutputBuffering = 1
resources.layout.layoutPath =
resources.layout.layout =
　↑残念ながらiniの値はunsetすることができずlayoutは作られてしまう。
　　どこかでdisableLayout()する必要がある。

あとはindex.phpのようなやつから以下のようにアプリケーション起動
My_は空っぽのやつを作る必要がある。たしかレスポンスのsendHeaders()は空メソッドでオーバーライド

Zend_Layout::startMvc()->disableLayout();

$application->bootstrap()
->getBootstrap()->getResource('FrontController')
->setRequest(new Zend_Controller_Request_Simple($action, $controller, NULL, $params))
->setRouter(new My_ZendControllerRouterRouteCli())
->setResponse(new My_ZendControllerResponseCli());
$application->run();