>>330
アルゴリズムの問題だと思うけど、マッチングした文字列をいったん置き直して、展開しなすとかしたら？

日本海溝は太平洋側にあります。
<3>は太平洋側にあります。
<3>は<4>側にあります。

みたく文字列を順次置き直して、あとから <id>をリンクつきのHTMLで展開。