$words = array(
array(
'id' => 1,
'term' => '日本'
)
);

辞書がこんなかんじの配列にあって、

foreach ($words as $word) {
str_replace($word['term'], '<a href="word/' . $word['id'] . '">' . $word['term'] . '</a>', $body);
}

辞書は単語の文字数の長い順にソートさせてあります。
実際のコードとは違うのでどこか変かもしれませんが、流れはこんな感じです。

単純に、辞書の配列をforeachさせて、
str_replaceでアンカータグをつけたものに置き換えているだけです。
なので、重複して置き換えられてしまうのは当然なのですが、
対処法が思い浮かばなくて；

よろしくお願いします。