>154
個数はあんま関係ないな。
論理的に「同じようなものが100個」ならば、100要素の配列を使う、というだけ。
例えば>153のデータが100行ならば、人間が100人なわけで、100要素の配列に格納するのは理にかなっているわけだ。

だが、列が3列だからといって、各行を3要素の配列で表現したりはしない。idと年齢は別の概念だからな。
たとえスリーサイズとか干支とか住所とかで各行の要素が何十とあったとしても、数字添字の配列にはしない。
$person[0] = array( 'id' => 1, 'name => '木村', 'age' => 10);
$person[1] = array( 'id' => 2, 'name => '佐藤', 'age' => 20);
みたいな連想配列に格納する。もしくはクラスを使う。

1行ずつ処理する場合も
list($id, $name, $age) = explode(',', $line);
みたいにやった方が、コードが読みやすいはず。