モジュール化されていなくて一枚岩なのも気になるところだけど
そもそもEコマース専用システムってどうなの
Drupalとか何か他のCMS用Eコマースモジュールとして作れば
カブる部分は作る必要ないし既存の多くの資産を利用できるのでは？
ブログやイメージギャラリーやもっと汎用CMS的な機能がほしい場合は
Eコマース専用システムじゃ物足りないだろうし別途用意しても管理画面が統一されてないだろうし。
ECコアモジュールとそれに依存するEC用各種追加機能モジュールみたいな。
日本固有の機能は切り離したりして

現行EC-CUBEは古いからモジュール化されてないとかいろいろ古臭くても仕方ないけど
このスレで宣伝されている何個かの新作Eコマース専用システムとかは