単純にDocumentRootを“現在の公開ディレクトリ/html”に設定すればいいだろう。
つーかEC-CUBEスレじゃなくてapacheとかIISとかWebサーバ設定のスレの質問じゃねーか。
このぐらいの事が分からないなら構築・運用支援やる会社に投げた方が身のためだと思うんだが。