どうも、15です。
お答えいただいた皆様、ありがとうございます。

>>16さん
fopenやrequireしてある処理を別ファイルに記述し、
それをexecで呼び出す処理をループしました。
10万回回してる時にちょっと心が折れたので1000回にしてみました。

結果・・・
fopen：2m9.952s
require：2m10.088s

でした。
10万回ループさせたらまた違ってくるでしょうが、
バッチ処理で利用する訳でもないので、運用が楽な方でいいじゃーん！
という答えになりました。

>>17さん
17さんがそう思った理由は何でしょうか？
カーネルの仕組みなどを深く理解していないので、
私では判断できませんでした・・・。